在游戏中共分有两个不同部分，其中在主篇故事“国际版”的部分跟之前故事大致相同，但游戏中仍有做了小小的修正变动，像是玩家在此可以将之前“X-2”登场的露芙兰一派以队伍伙伴的形式来使用，并施展出海鸥团所没有的独特攻击方式来进行战斗，体验到“X-2”中所没有的全新战法乐趣。
　　而在“最后任务”方面，则是这次游戏新加入的部分，玩家在游戏时就算没有“X-2”的过关记录也能玩，但如果有过关纪录的话，便可以从结局后约3个月的史皮拉进行故事冒险。而这次三人组最后冒险的舞台是一个高耸的“ヤドノキの塔”，这座塔为最近发现的巨大遗迹，不但巨大且构造复杂，如果能登上塔顶将会有好事发生。另外游戏中也将新增加几件新服装登场，像是可以引发不可思议现象的超能力装“Psi-Kicker”等，因此对于之前已经玩过本作的玩家来说应该也将可以得到与之前不同的乐趣。